その他 Ubuntu Budgieを導入した直後に行った初期設定 (備忘録)
Linux用のPCを購入したのでLinuxの設定を行った．が，pyenvとanacondaの共存関係を整理する部分でしくじり，apt やらpython関係のシステムがおかしくなってしまったので，一から全てやり直すことにした．泣きそうだから...
その他 Python [python] context manger を使ってmatplotlibの図を大量生産する
データを探索的に解析していく際には，matplotlibを用いて図示する機会が多い．
ただ，少し凝った図を作成しようとすると，matplotlibだと行数が多くなってしまう．例えば，二次関数を装飾して図示しようとすると以下のコードを...
Git/Github .gitignoreの設定．中間ファイルをpushしたくない
データ解析していると，ある程度解析した内容をpowerpointやwordでまとめたくなってくる．
もちろん，jupyter notebookを使ってhtmlでファイルを生成して，ファイルを渡せばデータ解析の結果を見せることもある．...
Python plotlyのギャラリー | 図から探すplotlyの機能
この記事では，plotlyを用いた図の作成について，基本的なものから，少し凝った図の作成方法を紹介する. どのようなことが出来るかは公式ドキュメントのExamples を参照のこと．方針としては公式ドキュメントの各論を踏まえた上でよく使...
Python [python] 関数の実行時間を計測する方法のまとめ
この記事では，pythonの関数の実行時間を計測する時間の方法をいくつか紹介する．コードの実行した結果は， で見ることが出来る．
準備
今回時間を計測する関数は以下のものを用いる．
def wasteTime(num=...
Python statsmodelsのIRLSのソースコード解剖記
statsmodelsのGLMの手法の一つでLogistic Regressionを推定する際に用いられるIRLS(Iterative Reweighted Least Square)がどのように実装されているか調べた．
その際に...
Python PyMC3をLogistic Regressionを例に探索してみる．
この記事ではMCMCを実装するmoduleの一つPyMC3について書く．
下に示したコードでやったことは， 1. statsmodelsでLR (Logistic Regression)2. GLMを使わずにpmが提供する機能を用い...
Python scipy.minimizeをすっきり書く書き方
この記事では，scipy.minimizeを効率的に運用していく方法を書く．特にニュートン共役勾配法など勾配ベクトル・ヘシアンが必要になる最適化手法を用いる時に有効な手段である．
結論から言えば，クラスを用いて評価関数，勾配ベクトル...
Python cythonを使ってMCMCを実装 | 図示編
この記事は cythonを使ってMCMCを実装 | サンプリング編 の続きです．前回の記事でoutputされたデータを図示する．コードは，git clone でmcmc_cythonの下にある.
サンプリングの確認
Rose...
Python cythonを使ってMCMCを実装 | サンプリング編
この記事では，cythonを用いたMCMCの実装を行う．なぜcythonを使うかと言われれば，ただでさえ時間のかかるMCMCをpythonで実装したところで，収束まで時間が掛かりすぎてしまう．そこで，cythonを使ってMCMCを実装しよ...