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PyMC3をLogistic Regressionを例に探索してみる.

この記事ではMCMCを実装するmoduleの一つPyMC3について書く. 下に示したコードでやったことは, 1. statsmodelsでLR (Logistic Regression)2. GLMを使わずにpmが提供する機能を用い...
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scipy.minimizeをすっきり書く書き方

この記事では,scipy.minimizeを効率的に運用していく方法を書く.特にニュートン共役勾配法など勾配ベクトル・ヘシアンが必要になる最適化手法を用いる時に有効な手段である. 結論から言えば,クラスを用いて評価関数,勾配ベクトル...
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cythonを使ってMCMCを実装 | 図示編

この記事は cythonを使ってMCMCを実装 | サンプリング編 の続きです.前回の記事でoutputされたデータを図示する.コードは,git clone でmcmc_cythonの下にある. サンプリングの確認 Rose...
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cythonを使ってMCMCを実装 | サンプリング編

この記事では,cythonを用いたMCMCの実装を行う.なぜcythonを使うかと言われれば,ただでさえ時間のかかるMCMCをpythonで実装したところで,収束まで時間が掛かりすぎてしまう.そこで,cythonを使ってMCMCを実装しよ...
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cythonのコードを外部からimportする方法

この記事では,cythonを使ってpythonのコードをcompileしたものを外部から参照する方法を解説する.個人的な目的としては,jupyter notebook上からよく使うcythonでコンパイルしたコードを参照して,さらにjup...
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非線形最適化関数scipy.minimizeの各手法の実装例

この記事では,非線形関数の最適化問題を解く際に用いられるscipy.optimize.minimizeの実装を紹介する.minimizeでは,最適化のための手法が11個提供されている.ここでは,の分類に従って実装方法を紹介していく. ...
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[python] 実践で使える数値微分のコードの紹介

統計の勉強をしているとFishier's information matrixとかHessianや複雑な関数の一回微分で数値微分が使えるという話はよくある.また,数値微分をする際にはプログラムでの計算方法に付きまとう丸め誤差のせいで,小さ...
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[python] Logistic Regressionを用いてOdds Ratioを求める

この記事では,pythonのmoduleの一つであるstatsmodelsを用いたLogistic Regressionを行い,かつ,Odds Ratioを計算する方法を紹介する.また,Logistic Regressionまでのデータク...
名言集

ヘルマン・ヘッセの死や絶望に関する名言

この記事では,ヘルマン・ヘッセの自殺に関係した名言をいくつか紹介する. 『クラインとワーグナー』はヘルマン・ヘッセの作品.1919年に書かれた本.この年は第一次世界大戦が起こった次の年でもあり,精神病の妻と別れた年でもあり,客観的な...
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[python] 2つのディレクトリーの差分検出、簡易版

この記事では,pythonを用いて2つのディレクトリーの間で格納さりているディレクトリーやファイルが等しいかを確認する方法を解説する.最初にbashのdiffコマンドを呼び出す方法,次にpythonのmoduleのfilecmpを用いた方...
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