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python

[python] context manger を使ってmatplotlibの図を大量生産する

データを探索的に解析していく際には,matplotlibを用いて図示する機会が多い. ただ,少し凝った図を作成しようとすると,matplotlibだと行数が多くなってしまう.例えば,二次関数を装飾して図示しようとすると以下のコードを...
git/github

.gitignoreの設定.中間ファイルをpushしたくない

データ解析していると,ある程度解析した内容をpowerpointやwordでまとめたくなってくる. もちろん,jupyter notebookを使ってhtmlでファイルを生成して,ファイルを渡せばデータ解析の結果を見せることもある....
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plotlyのギャラリー | 図から探すplotlyの機能

この記事では,plotlyを用いた図の作成について,基本的なものから,少し凝った図の作成方法を紹介する. どのようなことが出来るかは公式ドキュメントのExamples を参照のこと.方針としては公式ドキュメントの各論を踏まえた上でよく使...
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[python] 関数の実行時間を計測する方法のまとめ

この記事では,pythonの関数の実行時間を計測する時間の方法をいくつか紹介する.コードの実行した結果は, で見ることが出来る.  準備 今回時間を計測する関数は以下のものを用いる. def wasteTime(num=...
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statsmodelsのIRLSのソースコード解剖記

statsmodelsのGLMの手法の一つでLogistic Regressionを推定する際に用いられるIRLS(Iterative Reweighted Least Square)がどのように実装されているか調べた.  その際に...
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PyMC3をLogistic Regressionを例に探索してみる.

この記事ではMCMCを実装するmoduleの一つPyMC3について書く. 下に示したコードでやったことは, 1. statsmodelsでLR (Logistic Regression)2. GLMを使わずにpmが提供する機能を用い...
python

scipy.minimizeをすっきり書く書き方

この記事では,scipy.minimizeを効率的に運用していく方法を書く.特にニュートン共役勾配法など勾配ベクトル・ヘシアンが必要になる最適化手法を用いる時に有効な手段である. 結論から言えば,クラスを用いて評価関数,勾配ベクトル...
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cythonを使ってMCMCを実装 | 図示編

この記事は cythonを使ってMCMCを実装 | サンプリング編 の続きです.前回の記事でoutputされたデータを図示する.コードは,git clone でmcmc_cythonの下にある. サンプリングの確認 Rose...
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cythonを使ってMCMCを実装 | サンプリング編

この記事では,cythonを用いたMCMCの実装を行う.なぜcythonを使うかと言われれば,ただでさえ時間のかかるMCMCをpythonで実装したところで,収束まで時間が掛かりすぎてしまう.そこで,cythonを使ってMCMCを実装しよ...
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cythonのコードを外部からimportする方法

この記事では,cythonを使ってpythonのコードをcompileしたものを外部から参照する方法を解説する.個人的な目的としては,jupyter notebook上からよく使うcythonでコンパイルしたコードを参照して,さらにjup...
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